Generalmente pueden ocurrir dos cosas:
La carpeta no se encuentra vacía... Probablemente hay archivos ocultos que tu cliente FTP no está mostrando y por lo mismo no se pueden seleccionar para borrar. Cambia la preferencia de visualizar archivos ocultos en tu programa FTP.
Existen problemas de permisos... Cada archivo que subes al servidor tiene una configuración numérica para permitir sólo lectura o edición. Verifica y cambia si es necesario esos permisos. Tu cliente de FTP debe tener esa opción seleccionando el archivo y sacando con el mouse el menú de propiedades. También lo puedes hacer a través del Panel de Control: cPanel / Archivos / Administración de Archivos; en la barra superior está la opción: Cambiar Permisos, antes debes seleccionar el documento.
